Ichigo 100% cuenta la historia de un joven llamado Junpei Manaka, un estudiante que no tiene mucho éxito con las mujeres. Desde niño siempre ha tenido la ilusión de ser un gran cineasta reconocido, es por eso que al terminar la secundaria, piensa entrar a la preparatoria Izumisaka, la cual tiene un club de cine. Durante el transcurso de la historia se ve envuelto en una serie de relaciones complejas con varias chicas y como es típico, no sabe por cual de ellas decidirse.
Un día, Junpei sube a la azotea de su escuela, y de repente, le cae de encima una preciosa chica con ropa interior estampada con fresas. Junpei queda muy asombrado ante la belleza de la joven, la cual le da mucha vergüenza y se va corriendo. Accidentalmente, la joven olvida su cuaderno y Junpei se entera que el cuaderno pertenece a Aya Tōjō, así que decide buscarla al día siguiente para saber la identidad de la joven.
Una vez que la encuentra, se da cuenta que es completamente diferente a la chica del encuentro, ya que ella usa anteojos gruesos y tiene el pelo recogido. Esto hace que Junpei se decepcione un poco y siga en su búsqueda.
Los amigos de Junpei, Rikiya Komiyama y Okusa le sugieren que la chica misteriosa podría ser Tsukasa Nishino, la chica más linda de la escuela y que acepta usar ropa interior con estampados de fresas. Siguiendo un "consejo" (una broma en realidad) de Aya, Junpei se le declara haciendo una flexión de brazo en una barra de ejercicios, y Tsukasa misteriosamente acepta.
Junpei y Tsukasa planean asistir juntos a la secundaria Izumizaka, la única con un club de cine. Aya les ayuda a los dos a estudiar para los exámenes de ingreso y el triángulo amoroso se establece.
En un cambio de eventos, Aya decide no intentar entrar a Sakai (una escuela solo para chicas, y su primera elección) o a la Academia Ōmi (otra escuela solo de chicas), sino asistir a Izumizaka con los demás. Es durante los exámenes de ingreso que Junpei finalmente se da cuenta que Aya es la chica que vio en la terraza, porque ella aparece usando lentes de contacto y con el pelo suelo (un look que a partir de ese momento mantendría la mayor parte del tiempo). Aún más sorprendente, Tsukasa decide ir a la Academia Ōmi esperando de alguna manera mantener una relación a distancia con Junpei. Al dejar su cupo libre, Tsukasa le da a Junpei la posibilidad de entrar (es uno de los tres en lista de espera; el otro es Komiyama, y después se descubre que Satsuki Kitaoji es la tercera).
Pronto después de recibir su primera cámara de video, Junpei ve a una chica preciosa y la empieza a filmar. El encuentro termina mal y la chica, Satsuki Kataoji, le tira su cámara al río. No se imaginaban que estarían en la misma escuela por los próximos tres años. Al descubrir que están en la misma clase en su nueva secundaria, se inicia inmediatamente una discusión entre los dos y ambos reciben como castigo las tareas de limpieza. La caballerosidad de Junpei después de un accidente hace que Satsuki se empiece a enamorar de él. Ayuda el hecho de que los dos empiezan a pasar mucho tiempo juntos mientras se recuperan de dicho accidente. Resulta ser que los dos tienen muchos intereses en común
Junpei descubre que el club de cine se convirtió en un club de gráficos de computación. Como requisito para iniciar un nuevo club, Junpei encuentra otros cuatro estudiantes para unirse: Satsuki, Aya, y dos buenos pero pervertidos amigos: Komiyama y Hiroshi Sotomura.
Como Tsukasa no puede soportar las dudas de Junpei respecto a su relación, decide terminar con él. La compleja y cómica vida amorosa de Junpei continúa al encontrar a su amiga de la infancia Yui Minamito (quien tiene el mal hábito de dormir desnuda) durmiendo en su cama. Yui no se considera realmente un potencial interés amoroso de Junpei; él la ve como una niña y su relación se parece a la de un hermano mayor con su hermana menor. Ella le cuenta a Junpei que va a intentar entrar a una secundaria en la ciudad y que él debe ayudarla. La escuela elegida es la misma que la de Tsukasa. Una vez más, Tsukasa - quien aparentemente todavía le tiene cariño a Junpei - entra en escena.
Después de muchos volúmenes conmovedores, complejos y largos, donde aparecen nuevos personajes y nuevos intereses amorosos tanto para el protagonista como para alguna de las chicas, Tsukasa finalmente se le declara a Junpei, confesando su deseo de convertirse en su novia una vez más de la misma forma que Junpei lo había hecho hace un tiempo (haciendo flexiones). Aunque Junpei no puede responder inmediatamente, la tarde siguiente acepta que ahora ama genuinamente a Tsukasa. Luego de un último intento de Satsuki para tener algo con él, Junpei le revela que volvió a juntarse con Tsukasa. Aya, después de enterarse de esto y antes de que terminen su último año juntos, se llena de valor y desesperadamente le confiesa a Junpei que está enamorada de él desde el primer día en que compartieron sus sueños en su escuela anterior. A pesar que admite que Aya fue su primer amor, Junpei decide quedarse con Tsukasa porque ella se volvió realmente muy importante para él.
El sueño de Tsukasa de estudiar en Francia para ser una chef hace su separación inevitable. Junpei le sugiere que deberían terminar e intentar alcanzar sus propios sueños por si mismos. Tsukasa acepta pero le dice que quiere seguir siendo su novia hasta que se tenga que ir. Cuando se despiden en el aeropuerto, prometen que se volverán a ver cuando Tsukasa regrese a Japón
En el epílogo, cuatro años después, los miembros del club de cine se reúnen en Kyoto en un restaurante que atiende Satsuki. Todos comparten sus logros a través de los años - La carrera de escritora de Aya floreció y Junpei es una potencia cinematográfica en aumento (ya habiendo ganado un pequeño premio y siendo invitado a unirse a la compañía de un director famoso). Después de hablar con Aya, reconoce que nunca podría haber llegado tan lejos y cumplir su sueño sin la ayuda de sus amigos y especialmente el apoyo de ella. Le pide que lo espere hasta que sea capaz de adaptar su primera novela a una película.
En la escena final, Junpei se encuentra con Tsukasa por primera vez desde su despedida y le pregunta si quiere salir con él una vez más. Ella acepta (además se la muestra usando un anillo que Junpei le regala la navidad anterior a su separación) y ambos se abrazan en el último cuadro del manga.
